当戴安离子色谱分析柱被污染时，其色谱行为与未污染色谱柱的色谱行为有些不同。受污染的色谱柱会导致背压问题。被污染的反相柱必须经过清洗和再生才能恢复到原来的操作条件。

　　再生受污染的戴安离子色谱分析柱的关键是了解污染物的特性并找到合适的溶剂来去除它们。如果污染是由重复进样过程中强保留物质的积累引起的，去除这些污染物的简单步骤通常可以恢复它们的色谱行为。有时，经过多次操作，20倍体积的色谱柱可用90～100%溶剂B（双溶剂反相系统中较强的溶剂）冲洗。例如，柱中残留的脂质可以用非水溶剂如甲醇、乙腈和四氢呋喃处理。
 

　　一般来说，所有的清洁方法都有相似的形式。使用的溶剂随着溶剂强度的增加而增加。通常后一种溶剂非常疏水（如乙酸乙酯甚至碳氢化合物），可用于溶解非极性物质，如脂类和油类。我们必须确保一系列溶剂中的每种溶剂都可以与下一种溶剂混合。在清洁过程结束时，需要借助中等强度和可混溶的溶剂返回到原始溶剂系统。例如，异丙醇作为中间步骤是一种非常好的溶剂，因为它可以与正己烷或二氯甲烷以及水性溶剂混溶。但异丙醇的粘度很高，必须保证低流量，以免泵压过大。洗涤色谱柱时，洗涤液从戴安离子色谱分析柱出液端直接与废液瓶相连，不能流经检测槽，从而污染检测槽。